mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC TGGGAACAGACAGAGCATGG GAGGTAAGAAGGAAGACGAGAAAAAAAGAGGCTGGGAACAGACAGAGCATGGATAGAGCTTACTTACAGAAACCCTTTTGTTTTGACCCTTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCTTTTTCCCTCTTCTCTTCCACCCTCTTT GATTATGGGTGAACTATAGAACAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGGAAAAACCCGAGGTAAGAAGGAAGACGAGAAAAAAAGAGGCTGGGAACAGACAGAGCATGGATAGAGCTTACTTACAGAAACCCTTTTGTTTTGACCCTTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCTTTTTCCCTCTTCTCTTCCACCCTCTTTTTCTTTTTTGGTCAAACCGAAAATATGATTGATTTAATTCTTTACGCTAAAGTTTATCTTTAAAAGTTAATGATTCTAATTTGTTTTATTTGTCTTGATCGAATTGGACGAATCATTTGTGAAGGCGACATGGTACCGGTACTCATCGACCAAGAACCAAGAGCCCGAGATCAACCGTTCACCGATACATGAGTTCATCGTGGCCAACGCTAGAACAAAGCTCATGCATGTATTCAAGGTCCAAGGAAAACAATATTGGTGTAGATTGAACATATAGTTTGTTGATATATACTCGGTCAATATCATCCAACCAAGTGTTTAACCAACCCGGTTCGACCAACAGATTATTTTCTTAATAAACCAACTACTACTGTGAATAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGCCGCTCTAGAGTATCCCTCGAGGGGCCCAAGCTTACGCGTACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTGGTCCCTATAGTGAGTCGTATTATAAGCTAGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACTGCTAGCTTGGGATCTTTGTGAAGGAACCTTACTTCTGTGGTGTGACATAATTGGACAAACTACCTACAGAGATTTAAAGCTCTAAGGTAAATATAAAATTTTTAAGTGTATAATGTGTTAAACTAGCTGCATATGCTTGCTGCTTGAGAGTTTTGCTTACTGAGTATGATTTATGAAATATTATACACAGGAGCTAGTGATTCTAATTGTTTTGTGTATTTTAGATTCACAGTCCCAAGCTCATTTCAGCCCCTCAGTCCTCACAGTCTGTCATGATCATAATCAGCATACCACATTTGTAGAGTTTACTGCTTTAAAAACCTCCCACACCTCCCCTGACTGAAACATAAATGATGCAATGTGGTGTACTTGTTATTGCAGCTTATATGGTACAATTAGCAATAGCATCCAATTTCCAATAAGCATTGTTCCATGCATCAGTTGATGCCACTTACAGTACTCTTATCAGTC 3 1 3' arm Linum_usitatissimum mirnest MIR408 5.0E-7 ptc-MIR408 3.0E-8 -47 ((((......((((((.((((...((((((((((((((.((.(((.((((((...(((.......((((((....)))))).......))).)))))).))).)).))))).)))))))))...)))).))))))..))))... (-47)