mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC TGGGAACAGACAGAGCATGG GAGGTAAGAAGGAAGACGAGAAAAAAAGAGGCTGGGAACAGACAGAGCATGGATAGAGCTTACTTACAGAAACCCTTTTGTTTTGACCCTTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCTTTTTCCCTCTTCTCTTCCACCCTCTTT GATTATGGGTGAACTATAGAACAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGGAAAAACCCGAGGTAAGAAGGAAGACGAGAAAAAAAGAGGCTGGGAACAGACAGAGCATGGATAGAGCTTACTTACAGAAACCCTTTTGTTTTGACCCTTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCTTTTTCCCTCTTCTCTTCCACCCTCTTTTTCTTTTTTGGTCAAACCGAAAATATGATTGATTTAATTCTTTACGCTAAAGTTTATCTTTAAAAGTTAATGATTCTAATTTGTTTTATTTGTCTTGATCGAATTGGACGAATCATTTGTGAAGGCGACATGGTACCGGTACTCATCGACCAAGAACCAAGAGCCCGAGATCAACCGTTCACCGATACATGAGTTCATCGTGGCCAACGCTAGAACAAAGCTCATGCATGTATTCAAGGTCCAAGGAAAACAATATTGGTGTAGATTGAACATATAGTTTGTTGATATATACTCGGTCAATATCATCCAACCAAGTGTTTAACCAACCCGGTTCGACCAACAGATTATTTTCTTAATAAACCAACTACTACTGTGAATAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGCCGCTCTAGAGTATCCCTCGAGGGGCCCAAGCTTACGCGTACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTGGTCCCTATAGTGAGTCGTATTATAAGCTAGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACTGCTAGCTTGGGATCTTTGTGAAGGAACCTTACTTCTGTGGTGTGACATAATTGGACAAACTACCTACAGAGATTTAAAGCTCTAAGGTAAATATAAAATTTTTAAGTGTATAATGTGTTAAACTAGCTGCATATGCTTGCTGCTTGAGAGTTTTGCTTACTGAGTATGATTTATGAAATATTATACACAGGAGCTAGTGATTCTAATTGTTTTGTGTATTTTAGATTCACAGTCCCAAGCTCATTTCAGCCCCTCAGTCCTCACAGTCTGTCATGATCATAATCAGCATACCACATTTGTAGAGTTTACTGCTTTAAAAACCTCCCACACCTCCCCTGACTGAAACATAAATGATGCAATGTGGTGTACTTGTTATTGCAGCTTATATGGTACAATTAGCAATAGCATCCAATTTCCAATAAGCATTGTTCCATGCATCAGTTGATGCCACTTACAGTACTCTTATCAGTC 3 1 3' arm Linum_usitatissimum mirnest MIR408 0.0000005 ptc-MIR408 0.00000003 -47 ((((......((((((.((((...((((((((((((((.((.(((.((((((...(((.......((((((....)))))).......))).)))))).))).)).))))).)))))))))...)))).))))))..))))... (-47)