mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GAGGCAGCGGTTCATCGATC GTTGTGAAGAGGGAGGGAACACACGGAGTTTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCATGGTTTATGTGGGTTCATCCGATCACAAAAACACGTGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCAACCCCCCTAGTTTCTCCCTTCCTACC CCNNGGNGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGGCACGAGGGCAGAGCAGAGAGCTCTCCCATCAAGGCCGCCGAAACCCTCCATTATCTATCACCAACCACCATACTTCATAGTTCATACCCTATCTCTCTCTTTCTCAATCTCAAAACCCATATCATCAGTTGCAGATGCAGAGAAAACGTAGATTATGAACACACAGGCTGATTAAACCCCACTGCCATGGCGGCTATTGAAGGGAAGTATCAGATTTCGGATCTCGATTCTAAGTTCTTTCTCCGATTACTATTTTCAGATCTGATCGTTGATTTTTTTGCGTGTGTCTGAAGGGTTGTGAAGAGGGAGGGAACACACGGAGTTTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCATGGTTTATGTGGGTTCATCCGATCACAAAAACACGTGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCAACCCCCCTAGTTTCTCCCTTCCTACCTTCTCATGGATCTGTAGCTTCTGTGATTTTGGAAAGTTTATTACTTTTGTTTGGATAATCGAATCTCTGCTGCTAATCTTGTTGCTTATATGTTGATCTGGTTGATTCCATTGAAAAATTCTTCATTTCCCCTAACTTAACAACTGGAACTTTGATGGCTAGCTACACTGTGTTAGATCTGTATGCATATAGCTGGTTTTCAAGTGTTGTTGATTTTCTGATATGCAAGTATGTAGATTTAATCAAAGGTTGGTCAAGAAATGGGGTCTGATGATGATGTACTCTTTTGATTTGGTGGCCAGAAGAAAAAAGTAGTTGCTTGTCTGCTTGAACTCATAAAGTAGCCATCTTTCGCTAAAGTGAAAGCTTTCTGGGTTAATCAGGCTGACGTTTGTATTTGCTTTTGCTGTACATTTTCCCCTTTTGCTGCTGAAAGAAAAGAACTTGGTTAAAAATTCCTACAGTTTGTTAGGCCTGTAAGAGAATCTGGTGCCGCATTTCCTTGTACCNAACTGTGTATCTTGGNTAGTTCGAATTGCCCCGACNATGTAAGTGATGGAGAGGAACTAACTGTGTTATTTTTACTGGNAACNGAANTATCCNTCTCCCTAGAGGGGAAAGGACTNATGTAATGTATGGCAGCATCTGGGAAAACGTANCNANTNNNGGNNNNTNCTTTTCTTTCTCTGCTACTANTGTGNTGNGNNTTNCNGNNNNNNNNNNNTNNNNTTTNNTNNNNNNTGGNNTNCNNNNA 3 0 3' arm Linum_usitatissimum mirnest MIR162_2 0.000000009 csi-MIR162 0.0000000005 -54.3 ...(((..((((((((((......((.(((((((.((((.((((.(((((((..((((((((((.(((((..((....))))))).)))).))))))..))))))).)))).)))).))))..)))))......))))))))))..))). (-54.3)