mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGGGAACAGACAGAGCATGT ATGCCCTGCCTCTTCCCTGGCC CGAGGAAAGAAGGAAGACGATAAAAAAAGAGGCTGGGAACAGACAGAGCATGTATAGAGCTTACTTACGGAAACCCTTTTGTTTTGACCCTTCCCATGCCCTGCCTCTTCCCTGGCCTTTTTCCCTCTTCTCTTCCACCCTCTTTT GTTTTAGGGAGCACTATAGACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGGAAAAACCCGAGGAAAGAAGGAAGACGATAAAAAAAGAGGCTGGGAACAGACAGAGCATGTATAGAGCTTACTTACGGAAACCCTTTTGTTTTGACCCTTCCCATGCCCTGCCTCTTCCCTGGCCTTTTTCCCTCTTCTCTTCCACCCTCTTTTTCTTTTTTGGTCAAACCGAAAATATGATTGATTTAATTCTTTACGCTAAAGTTTATCTTTAAAAGTTAATGATTCTAATTTGTTTTATTTGTCTTGATCGAATTGGACGAATCATTTGGGAAGGCGACATGGTACCGGGACTCATCGACCGAGAACCAAGAGCCCGAGATCAACCGCTCACCGATACATGAGTTCATCGGGGCCAACGCTATAACAAAGCTCATGCATGTATTCAAGGTCCAAGGAAAACAATATTGGTGTAGATTGAACATATAGTTTGTTGATATATACTCGGTCAATATCATCCAATCAAGTGGTTAACCAACCCGGTTCGACCAACAGATTATTTTCTTAATACACCAACTACTACTGTGAATAAGTCCTCTCTGATGAAAAAGAATCAATGAGGGCCTGCCGCTCTAGAGTATCCCTCGAGGGGCCTAAGCTTACGAAGCGCATTATAAGCACGTCACTGTCCGGCGTTTTACACGCACGGGACTTGGGACATCTGCAATTTTGGAAGTGTCCGGACTAACGCGAGAGTCTCAAAGGCTTAAGAGAAATCGGAATATTCTGGGTATAATGGGGTGGACTAGCTGGCCAGCTACAGCATGAGGGTTTTCCTAGTGGGAACGAGTATTTATAGATTATACGCAGGAGCTAGTGATTCAAAGTGTTTGCGTACTTCACATGCTAAGCCCCTGGTGAGATAAGGCCCCTCTTTCGCACCAGCAGGAACCTGATCCAATCAAGGCCACGATCTAGTAGAGGCTGTGCCTACTAATAAAAAAATTCTGCACAATCTTGTGATCGACCAGTCATAATCACCGCCATGGTCGGTGGTGAATGTTATGTGCTTTGATGACGTCACACTGACAGCGAAAGCCTGCAAGATTCCAAAATCACACAAAATTGTACCTGTTGTTCCAAGCGAGCGGGTTCAAAATCACAAAAGGAGTCTTACCTTGACATTGAACCGTCACCCGATCATTAGATAATGACGCTCA 4 1 5' arm Linum_usitatissimum mirnest MIR408 0.0005 ptc-MIR408 0.00003 -39.1 .((((...(((((((((........((((((((((((((.((.(((.(((((....(((.......((((((....))))))........))).))))).))).)).))))).)))))))))...))))).))))...)))).... (-39.1)