mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGAAAAAGCCATGACTTAT AAGTTATGGTTTATTCATCTCC TTCTGGATAATAAAGTTATGGTTTATTCATCTCCAAAAGAGAAAAAGCCATGACTTATCACTTGCTC ATGCTGAGTGGAGGCTTGGATCTCACATGTGTGACATGTAAAAAAAAAACTCAAAATGGTCTTCTTCTTCTTCTTCCCTTTTTTGAAAAGTAATGAAATTTTACTAAAGCAAACGAGGCAACTGCCAAAGATAGGAAACTTATTCTTGATGAAAGACCCAGTTTGGTTTTGAATGGCAATGTTCAAAATTCAGAATTACTTCTGACAAAAAAACTGAGCTATTTGTTATTTAACTATTTAGAGGTCTTAAATAGAAATATGTTTCTTGTTTGTTGATGCAGATTGTGTGCATATTTTATTGGTTTATGTTAGCTAAATATGATTTTCTGCAGCTTTTTAGCCAGATAATTAGATGATTCTGGATAATAAAGTTATGGTTTATTCATCTCCAAAAGAGAAAAAGCCATGACTTATCACTTGCTCCAGGATCTGCTTCTTGTGGTCTTATTTGCTGATAGCTTTAAGCTGTGCCTTTTGTTCTTAGAAGCTGGTTTTTTTCTTTTCGATGAATGTACTTTTAGAGTTATTACCATCTCATTTTCAGTCACGAATGTTATCAGGAGATCCTCACTGTCAACCTCAACCTTTCGATTTTCTAATTGATGGTGAGCTAGTTCGGATGTCACTCGAAGAGTTTCTTCTTGCCAAGGGCATATCTGCGGTACTCATCTGCTCTAGATGTAGCTTCTTGCCAAGGGCTTTATATTTTGCTTCACATTTCTTTTACTACAATCAGAGTATTTAGAATTTCTAAATGATGTATGCATGCATATTTTTGAATTGATTGCTCCACATTTATGGTGATAGTGCCCCCCCTCCAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 3' arm Liriodendron_tulipifera mirnest 100 100 -17.2 ............((((((((((((.(((.(((.....)))))).))))))))))))........... (-17.2)