mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCCTCGTCGGTGGTCAGCTC GCCGTGCCCACCGAGGAGGGCTT GCGGCCGTGCCCACCGAGGAGGGCTTCTTCGACGACATCTTCGGCGCACGCACCCGCCACGCGCAGCGGTCGAGGTCGAGGTCCAAGTCGACCAAGTCCTCGTCGGTGGTCAGCTC GTCATGGAGGTGCACGATGGGTGCGGTGCTGCCATGGCAGTGCTCGTCGGACGGACAGCACGGTGCCGGGGCCGGCCACCAGAGCCTCGCCCCCGACGACTTCCGAGACGTGTTCGGTGGCCCGCCGCGCACCGTGCTTCTCAGCAGCTTTTACGGCGACACCGCCGCTGACTACCACGCAGCGGCATGGACACGGCGGCCAGTACCCGCACAACTACTCCTATGGTGGCACCACGGACGCCTTCTGCCGCCGTGACGGCCGGAGTAAGATGCCGCCGGCGGCCGTGCCCACCGAGGAGGGCTTCTTCGACGACATCTTCGGCGCACGCACCCGCCACGCGCAGCGGTCGAGGTCGAGGTCCAAGTCGACCAAGTCCTCGTCGGTGGTCAGCTCTG 3 2 3' arm Lolium_perenne mirnest 100 100 -46.7 ..(((..((.(((((((.((((((((..((((((((..(((((((((.(((.........)))..)).))))))).....)))...)))))..)))))))).))))))).))))). (-46.7)