mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGGGACGGAGGGAGTA CTCCCTCCGTCTCATGAAACG AACAACATTATTATACTCCCTCCGTCTCATGAAACGTGTCTGAGATTTGTCAAAATTCGAATGTATCTAGATACTATTTAGTGGCTTGGTACATCTAAATTTAAGCAATCTCCGACATGTTTCATGGGACGGAGGGAGTATGTGTGATTAAG ATTTGGGCTACAGTAGCAAATCCAATAACCAAATATGCGTTAACCATAACCCCTCTGGCTATGAGTTTGGAAGAGTTGCTGCCACGAAGTCAGCAGAAGTACTCGAACATAATCTTGCTTAGATCAGCCCTGGTGATATCAACCCTCATCGTTGCTCTATCGGTTCCCTTTTTTGCACTTGTGATGGCTCTGATTGGTTCTTTACTCGCCATGCTTGTGACCTACATTCTACCCTGTGCCTGCTTTTTGGCTATCCTTAAGACACAAGTGGCTTGGTATCAGGTTGTGGTCTGCTCATTCATCATTGTCGTAGGAGTTACCTGTGCTTGCGTGGGGACATACTCATCCATCTCTGGGATTATCCAGAACTACTGAGGGGGGGAGAGAATTAACCGAACAAGGCCTAAAAGAGAAGATTGCTCGCTCAACAACATTATTATACTCCCTCCGTCTCATGAAACGTGTCTGAGATTTGTCAAAATTCGAATGTATCTAGATACTATTTAGTGGCTTGGTACATCTAAATTTAAGCAATCTCCGACATGTTTCATGGGACGGAGGGAGTATGTGTGATTAAGCTATCTATGAGCGGGGCATATAAATTTTTCCC 0 0 3' arm Lolium_perenne mirnest MIR1122 0.0005 100 -69.1 .....(((...(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((..(((((...(((((((.((.((((....)))).)).)))))))...)))))..)))))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))...... (-69.1)