mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCGGGTGTCTTCGCCTCTGA AGAGACGTGACTCCCGCTAC TTTGGTCGCGAGTAAAATTGTAGCGGGTGTCTTCGCCTCTGAACCTTTGCCTATTGTGCTGTTAACCATTCTCAGCCTGGCTTCAGAGACGTGACTCCCGCTACGCATTTGCTCGCCATCTC GCCTGAATTCAGATTTAGGGTTTCACGTTCCTCCATGTTCCACATCGCCGTTCAATTTTGGTCGCGAGTAAAATTGTAGCGGGTGTCTTCGCCTCTGAACCTTTGCCTATTGTGCTGTTAACCATTCTCAGCCTGGCTTCAGAGACGTGACTCCCGCTACGCATTTGCTCGCCATCTCTGCTGCTTCCAACAATCATTTTTCTCCAAGCTTTGAAGAGGGAAGGAACGTTTCTTAACCTTCGAAATGTTAATTTACGCTTTGAATCGTCATAGTGTATAGATCTATGAAATTCGCAACATAACTCCTTTTTTTTCACCCTCATGATTAGGAATTGAACAAAACTAAGGAAAATTCGCAACATAACTCTTCTTCTTCGGTCAACAGATAAATTGATAAATTCAAGTTAGGAAATTTTAATTCCGGTTTAATTGTTCAGCTTGTTGAAAGTTTTCTACTTCGATCTAACTTTAATTATCAGTGTTTATAGGAAACTTGCAGCTTCAGTGGTAGATGCAGCCAACTACCATGGATCCAAGCTTCAAGATCTCTCTTTCGAAGATCTACTTTTTTTTTTT 3 1 5' arm Lotus_japonicus mirnest 100 100 -47.5 ...(((.(((((((((..(((((((((.(((..((.(((((((.....(((......((((..((...))..))))..)))))))))).)).))).)))))))))..))))))))).))).. (-47.5)