mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGCCGGATCAATATCACTC GTGGTATTGCTTCTGCTCATC AAGTAGACAAGTGTGGTATTGCTTCTGCTCATCTTAATTATTGAATAAACTATATATATTATGGCTTAAGATGAGCCGGATCAATATCACTCCCGTACATG TTCACGTTCTAGTGAGACTAGCTTTTTAAGACTTTCATTTTCTAATGAGGAATTGCCTAAAAAATATATTTTGCAGAAGTAGACAAGTGTGGTATTGCTTCTGCTCATCTTAATTATTGAATAAACTATATATATTATGGCTTAAGATGAGCCGGATCAATATCACTCCCGTACATGCACTTCCTGCATATGTAGCAATTCTTCAAAATCAAAAGGGTTTGTGCTGAAAGGGGAGCTTCATTACTGATCTTAGTTATTCATGAAATATAGAAGAGTGGTTAATTATGATTTATGTAGCTCATAATATTCTTGTAAAGGCTAATTATATATTTACCTTTGATATCATATGTTAATTTGTATAGCCTGTAGGAAGGAGGATTCCTCCCACTCCTCAAATTGGAAGAGAAAGTCACAGAAGTTGGTTTTGGAGAAGTAGAAGCAGTTACGAGCTTGGCTTTGCCCCAGAAGGTATTAGTGCACTGTGCACATATAGGTCTCCTTGTATCAATTATCCTCACATATAAGCTTTGTATCCCTTATCCTCTATTCATATGAA 4 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest MIR171_2 0.0003 100 -26 ..(((.......(((((((((.(((.(((((((((((.((.((.(((.....))).)).))....))))))))))).))).))))))))).....)))... (-26)