mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAATTTTGATGTAATTGGT CAGAGATATAAAATCAATC TTGTTGATTCACCAGAGATATAAAATCAATCTTATGACCTTCTGTAAGCTTTTGAATTTTGATGTAATTGGTGAATAAGGA GTGAAAGCCCGAATTCCATTCTGTTTCTGGAATGATATGTTTATTCTATATGAAGGGAAGGCCAAATTCCTTCTTAATTTGAACTACTTGTATGATTGTTGATTCACCAGAGATATAAAATCAATCTTATGACCTTCTGTAAGCTTTTGAATTTTGATGTAATTGGTGAATAAGGACTGCATGTTCTTAGGTTAGCGGAAGTACATGTGTCAGAGTAGATTTGATTTCTTCTTAATGGAAGAGACTAATAGGTAGCTATCCCATCCTTGATCAGTTAGTTAGTAGATTTGTAGCTTAGTTAGTTGGAGAGTTAAAGGTGAAATGTTATAGAGAGCGACTTGATCTTTGGGGTCATTGTAGGGAAATTTGGGGAGATTCCTGGATCTCTCAAATAACGAGGAGTTCAGTATACTTTTCATCGGTTAACATAATTATCCGCCCGCTCCTATCATAGACCTACAATTACCTGTCTTTTGTGTATAATGTTATATTCTTTTTTGTTAGATATGTGGAGTCTCACTTGGTGTGGTGTTAATTTTTTCATTTTGGCTGAATACTTTTAGATTTTTATTGATGCCATGCAAAAC 3 2 3' arm Lotus_japonicus mirnest 100 100 -17.9 ......(((((((((..(((((((.((((.((((((......))))))...)))).)))..))))..)))))))))..... (-17.9)