mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATAGCATCGTGAGCAATCA ACTGCTCACGATGTTA ACATGATGCATATATAGCATCGTGAGCAATCAGCCTTTTCATTACTTTAGAGTGACTGCTCACGATGTTA TCTTAAACAGAACATTAATTACCAGTAATAATCATCCTTCTGAACCAAAGGAGGAATAATGCACCACCTCATTAAATGCATACTTAGAAACTAATTAAAATTACAAATTAATTAATGTTTTCACAACTTATTTAAGTCAACCTAATTAGATTAGGGACAATACATGATGCATATATAGCATCGTGAGCAATCAGCCTTTTCATTACTTTAGAGTGACTGCTCACGATGTTA 4 0 5' arm Lotus_japonicus mirnest 100 100 -22.8 ..............((((((((((((((.(((..((((..........))))))).)))))))))))))) (-22.8)