mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGTTAATACAGAATCCTT GGATTCTGTATAACGGTTGACA ACTGTGATTCCTTTGATTAGATACAATAGAAGGATTCTGTATAACGGTTGACATGAGTTTATCTCGTTTTTAAAGATATCTTTGCATTTCATATGAGATTTAAAGTTTTTATTGGTAATATAAATCTCACATGAAATTTAAATTTATATTTTAAAGTTAAGATAAAGTCATGTCACCGTTAATACAGAATCCTTCAATTATATTTAGTCAGGGGAGCTCTTT TCACCTTCTCTTTGCAGCAAAACTTTCACCAACTTTCGCTTCACATGCTTTCAGATTCCTTTGCTAATTGGATCGATGAATTCTGGATCAGTTATTTAATGCTCGTGAATGCTCGTGATGTGTCGCGTTCGTGCCTCGTCAGAGCTGTGCTTTGCTTCGTCGACGAAGCTTGTGGCTCTGAATACTGTGATTCCTTTGATTAGATACAATAGAAGGATTCTGTATAACGGTTGACATGAGTTTATCTCGTTTTTAAAGATATCTTTGCATTTCATATGAGATTTAAAGTTTTTATTGGTAATATAAATCTCACATGAAATTTAAATTTATATTTTAAAGTTAAGATAAAGTCATGTCACCGTTAATACAGAATCCTTCAATTATATTTAGTCAGGGGAGCTCTTTTAATTTTGCTGAAATTGTTACTTTGCATCATTGTTGATTTTCATTGTCAATTTTCATTTTAATGTGGAATACTAGTAAATGTCACGAATATGATGTTTAA 0 2 3' arm Arachis_ipaensis mirnest 100 ahy-MIR3514 4e-95 -81.1 .......((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((...(((((((((((..((((.(((((((.(((((((((..................))))))))).))))))).))))..))).))))))))...))))))).))))))))))))).)))))))))))))).))).))))))))))))))))...... (-81.1)