mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC TTGGAATGTGGTTTGATCCGAAA GCTTGTAATTGAAGACGGAAAGGGTGGTGTTTGGAATGTGGTTTGATCCGAAATCATTGTCTCTGCCCCATTTTTAACTTTGCTTGTTTTCAAAGAGAGTGAAAGAGAGATCATATAGGAAAAAGGGTGTTTGGAATTAATGAGGTTTGATCCAAGATCATAACATCATCTCTTCCTTTTTCCTTGATTTCTGATTTATTTTCATATACCTATCTCATCACTTCATGCATGGGATATTGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACCCCTACCTTTCCCTTGTATAGAAGCA AACTTGAGTGCTTGCAGGCCTTTGTTTGTTCTTGAACCTTGAAAAAGAGAAAGATAGAGAACATGGAGCCTAGCTTGGAGAACAAAGAAAGAGTAGTGTCACTCATAAAGCTATATATAAATGGTTGGAAGCAAAGTTCTATATCATCAACTTTCCCTAAATTCGCCTTCTTCTATATGTTCCTATTCTTTATTTACCTTGTGAGACACAGGCTTGTAATTGAAGACGGAAAGGGTGGTGTTTGGAATGTGGTTTGATCCGAAATCATTGTCTCTGCCCCATTTTTAACTTTGCTTGTTTTCAAAGAGAGTGAAAGAGAGATCATATAGGAAAAAGGGTGTTTGGAATTAATGAGGTTTGATCCAAGATCATAACATCATCTCTTCCTTTTTCCTTGATTTCTGATTTATTTTCATATACCTATCTCATCACTTCATGCATGGGATATTGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACCCCTACCTTTCCCTTGTATAGAAGCAATCAGATATCAAGAAGCCAAAGGTAACCCTTTTTTTTCT 3 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest mir-166 3e-16 mtr-MIR166f 0.000000000001 -86.8 ((((.((..((..((.(((((((..((((...((((((.((((((.(((((.(((...(((((...((((..........(((.((........(((((((((((((((((((...(((((((((((.....(((....((((.((((((((...))))).))).)))).))))))))))))))))))))))......))))))).......)))).......)).))))))).....))))).))).))))).)))))).)))))).))))....))))))).)).)))).)))). (-86.8)