mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CTCTCTCGCTTCGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGCTGCTGCTTCTGCCGTTTTCGCGCGTAATCACTCACCGGAGGAGCGGTTACCGCCGCCGGTTGGATCGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAACCCGCCTTGAAGCTTT GTTTGGGTTATCCTCGCGATTCTCCCAAACTTTCTCTCTCTCTAGCTTTCTCTCTCATCACAACGCTGTATGCGATTGATTGATTGATTCTTCACTCTCTCGCTTCGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGCTGCTGCTTCTGCCGTTTTCGCGCGTAATCACTCACCGGAGGAGCGGTTACCGCCGCCGGTTGGATCGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAACCCGCCTTGAAGCTTTGCCTCGTTTTCCGCTCAGATCTCATCTCCGAGTAAATTTTCAATTCCTGTTTATTAGATCCGAATTCATTCCTGTTTTTGCAGCTTATCGTCTCCATGGAAACCTCAATTATTGATATAGATCCTGATGCATAGCTTCCAAATCTAACGAAAATTGAGTGTTTACAATTAGATTTGATTTTCATTGATGTGTTTTCTGATATCGATTGAAATTCGAGATTCAATTCTTTCTTGAACATGGATTTTGATTCCAGTAATTGTGATTTTGTATCCATTGATAGCAGCTTAAGAAATATCTATAAGGTTCATACTGAATTGAGAAATAATGGTTATGATGAAGTTTAGCTCTGTGCTGAATTAGCCACAAGTGTTTGATGCTGACACATTTGATTTTGCTGCTTGTGCTGATTCTAGTTCATGCTATTTCTAGATTGTTTGATATTGCTTTTTGAACA 2 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest MIR168 0.00000000000004 gma-MIR168 0.0000000000001 -60 .......(((((((((..(((.(((((.((((((((((.(((((.(((......((...((((.....(((.((((((.(((.......))).)))))))))...)))).))..))).))))).)))))))))).))))).)))..))))...)))))... (-60)