mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTACAAGGAGCCAAGCATG TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA TTTTGGTATTTTGTTATTTGTTTATTAGCATACTTTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGTAGAGCACATCACCACGGTGATGGCCTAATGAATGGCGTACAAGGAGCCAAGCATGCTGTGTGTTGCTATTTAGCTTCTACAAATTTCTTAT AGTGTCCCTAGAGTCACAATAGCTAGCTCTCCTTATTACCCTGCACCTTCATCCCCTTCTAATAATCTCTCCAAAGTCATGATCCTATCCTTGAGGGAGTTTGAAAAAGATCACTTCATGTGGAAGCAAGCATCACAGATTCACATATGATGAATGAAGATCTATTGGTTAGCTCTACTAATCTTACTACCATCTTCTGTGTTGTGGTTATTGGTCAAGGAAGTAGCAATAATGAGTAATTATTTACTCATTTTTGGTATTTTGTTATTTGTTTATTAGCATACTTTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGTAGAGCACATCACCACGGTGATGGCCTAATGAATGGCGTACAAGGAGCCAAGCATGCTGTGTGTTGCTATTTAGCTTCTACAAATTTCTTATTGAATGTTCTCTTAATTCAGTTTTAATCTTCTTTTGATCTTTTTGCTTGTTTCTACTTGCCTTTTGTTAGCTGAAATTGTGGAGCATGCAGTGTTGTTAAAGCTGTCCGAATCTCCTTGCTTTTGATGTCTATTTAGTTGTTTATTAAT 2 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest mir-160 0.00000000001 mtr-MIR160d 0.00000000000003 -60.6 ....((...(((((...(((..((.((((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((((.((.((((((....)))))))))).)))))))))))))).))))))).)))))).)))))))).))..))).....)))))...))... (-60.6)