mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGACGCAGCGGTTCATCGATC TATTTTAATTTAAGAGAGGCGACAAAGTCGCTGGACGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAATTTGGCTGTGGAAGAACACAAAACAAGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCATCTCGCCTCTCTCTCTCTCTTTT GTGAGTGCAGAGAGAGAGAAATCAAATACCCTTGCGGCAATGTTGATGACTCCATAGATTCCTGGTTCATATAAGATACTCTCTCTCTCTTTTTCTCTTCATCAGATTCTTCTGTTTTCGCTATTTGTACTATTTTTCAGATCAATGTTGTGTTGCGTGCGTGGATTGTGAATTTTGTGACGGAAGAGAAGTAACTGCCATTACACTTTCTGTTTCTGTTCAGATCTGTGTTTTCCGCATCATCGATTCGTCTTTGCTGTTTATAGCTTTCTGTTTCTTACATTTTTCTGTGATAATCTATTTCGGGTTGTGGTTTTCGATTATTTTAATTTAAGAGAGGCGACAAAGTCGCTGGACGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAATTTGGCTGTGGAAGAACACAAAACAAGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCATCTCGCCTCTCTCTCTCTCTTTTGATGGTTTCATGTTTAATTCCTCTTGTTTTCATATATAGATTAATTCTCTGGTTTTCGATAAAGCTGATCTAGATGCATCTGGTTGTTGTGGCTTACTTGTGAATTGCGATTTAGTAATTATTTTCCATCCATTTCTATGATGCGTATTGCTGGTGAGGCTTAGTGAATGAATTCACCTTCCAATAGAATGAGAATGCCTCTAGTGTTGCAGTGCTGTCATTTCCCGATTTGG 3 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest MIR162_2 2e-16 cpa-MIR162a 3e-20 -52.9 ............((((((((((...((.(((((((.((((.((((.(((((((..(((.((..((((...((......)).)))).)).)))..))))))).)))).)))).)))))))))....))))))))))........... (-52.9)