mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTATGAGGAGCCATGCATA TGCCTGTCTCCCTGTATGCCA ATATATATATGTGCCTGTCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGTTCCACCGAACATCAATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATAAAACCC TATCGAATTCCGTTGCTGTCGGTTAATTAGTCGTATATATGTAACTAGCTAGAGTGATTCACGCATACATACATATACATGTATATATATATGTGCCTGTCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGTTCCACCGAACATCAATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATAAAACCCATGTCCATGGCTGTGTCTCTTCATCTTGTTCTATTTCTTCTTCCTCATTAATTTTGCAGATAGTTTCAAAGCTTTTGTGTAATGTTTTATTTTCATTTCAAGGATTTTAGCTAGAACTAGCTAGATAGGGATGTTATGGTCATGTTGGAGTATTTGTAATATTATTCCACAGGGGCAGCACCGTAATTTAGAAAGTATGGAGGCAGATGTTTCTGATCAGAAAAGGTACTTTATCTTCTTCTTTCTCTCGTTCTTCTCCTTTATGTGGATGGTTTAGGGTTTTTTTCACCATGGATGTGATGAGATGAGATGCTTCTACTTTTGCAG 3 0 3' arm Malus_domestica mirnest mir-160 2e-24 ptc-MIR160b 2e-26 -35 .......(((((((.((.((((.((((((((((((((.(((..(((..((...))..))).))).)))))))))))))).)))).)).)))))))...... (-35)