mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCTGGCTCCCTGTATGCCAT GGCGTATGAGGAGCCAAGCAT GCATATATGTATAAATATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGTCCCACCGAACAGCGATGGCCTCTGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATAAAACCCATGTCCAT TCGAATTCCGTTGCTGTCGAGGATGTTGGGTTAGCATTCGATTAGGTTTTAGGGTTGAATATTTTCTAAAAACCCTAGCCGGTAGATATGTAAGAAATACCTCATCAATTGACCCATGTAGGTTTTGTTAATTAGTGGCATATATTTTTAGCTAGCTAGCATGATTCACGCATGCATACATATGCATATATGTATAAATATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGTCCCACCGAACAGCGATGGCCTCTGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATAAAACCCATGTCCATGCCTGTGTCTCTTCATCTTGTTCTATTTCTTCATCCTCTTTAATTTTGCAGATAGTTTCAAAGCCTTTTGTTTTTTCTCATTTCCAAAGATTTTAGCTAGAACTAGCTAGCTAGGGTATTATGGTCATGTTGGGTAATTATAATAATATTCCACAGCGGCAGCATTGTAATTTACAAAGTATGGAGGCTGATGTTTCTGATCAGAAGAGAGAAAATAATTATGGCGCTTCTGTCATTTTACTGGTTGTCACATGTATTATTTTCCATGAGACTTTAATAATTTCACCATAACACATATAACGAGGGGCACTGGAAAAAAACAAACTGTGGCAAAAGCTTTGGCCCAAATTACGGTAAAATTAGAAGCTGGATCCCGGTTAAAGAAGGTCGAAGCCTGACACAACATGGAA 2 0 5' arm Malus_domestica mirnest mir-160 2e-24 csi-MIR160 5e-28 -50.4 (((....))).....(((((((.(((((((.((((((((((((((((((..(((.((.....)).))).)))))))))))))))))).))))))).))))))).............. (-50.4)