mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTAAAGTCCAATAG AAAAAGGGAAAAGCTAAACAGTGTGTTAGGGTTAAGAAGTGGAGCTCCTTAAAGTCCAATAGAGGATCTTGCAGGGTAGATTGAGCTGCTGAGCTATGGATACCACAGCCCTATCCCATAATAAAAGGGAGTTCTTTTTTTCAAGTCTTCTTGGATAGGCTTGTGGCTTGCATATCTCTGGAGCTTCATTACCTTATTATGTTAGATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTAAATCTTTCACCTCTACTGCTACTGCTGCTTCT GAGACCACCGGCTTCAAATGGGTATTTCCATCTAGGGTTTGCTAGCTGGTTTCTCACCCATAGCACATGTGGATGGCTATAAAAGGAAGGTGCATGTTCAAGGGTTTTGTTGTCTGAGTGGGTTTAGGGTTTCTTACAATATGTATGAGGCCAGTAGCCTTCGGATCTGTAAGATTCTTGGGTGATCTTACATACCCAGTTTAGTTTTCTTTGTCATGAAGGATTCCTTGTTAGGGTTTCCTCCATAACTCTTTCTGCTGGGTGTTAGGGTTTGGTTTTATATGTGCAGTAAAAGGAAAAGAAAAAAGGGAAAAGCTAAACAGTGTGTTAGGGTTAAGAAGTGGAGCTCCTTAAAGTCCAATAGAGGATCTTGCAGGGTAGATTGAGCTGCTGAGCTATGGATACCACAGCCCTATCCCATAATAAAAGGGAGTTCTTTTTTTCAAGTCTTCTTGGATAGGCTTGTGGCTTGCATATCTCTGGAGCTTCATTACCTTATTATGTTAGATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTAAATCTTTCACCTCTACTGCTACTGCTGCTTCTTG 3 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest MIR159 1e-27 rco-MIR159 8e-29 -92.5 ......((((.(((....(((((((..((((((.(((.((((((((((((..(((((((..((((((((.(((((((((...(((((...(((.((((....((((((.(((((((.........((((((..(((......))).))))))))))))).))))))....)))).)))...)))))..)))))).....))).))))))))..)))))))..)))))))))))).))).)))))).)))....)))).....)))..)))) (-92.5)