mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGCCAAAGGAGATTTGCCC GCAAAACCTCCATTGGCATGCA TTGCATTACAGGGCAAAACCTCCATTGGCATGCAGCCACACTAAGATTCTCTATCCTTGTTGTGCATTCCTATAGTGTGCTCCATGCCAAAGGAGATTTGCCCGGCAACACT GGACTTGGGCTGCAGTTGCATTACAGGGCAAAACCTCCATTGGCATGCAGCCACACTAAGATTCTCTATCCTTGTTGTGCATTCCTATAGTGTGCTCCATGCCAAAGGAGATTTGCCCGGCAACACTTCTGCAGTTTGGCTTGTCAGAGTGAGATGCGGCCTTCAACTCTTCATCAATTGCTCATTAAGTGCATCTCTGATAAAGAAGGGTCCCTGCTTTGCAAGGTTCGCAGACATTATTGAACACAAGAAATTGTTCCGTGCCACATGACTCTCAGCTATTTGCTTCAGCTACATGTCATAGATTTAGTGAAAGCAAGAAATACTCCATTCGGCATTTAACATTAGAGAGGATAGCATAAGGTGGATAATAGATCAAGCTAAAAGTTTACTCACAGTGAATCGGATTCTATCTCANATTAATACTCATCATCTTCTGGATGGCTTAAACACATGGACCTCCAGTGTGACTGCAGCGAGCAATGCTTAACTCTTGTCTACTTCTGCCATGTTGTCAAACTAAAGGGTTTGCCTTGTGAATAATCCATGGCTGGTGTATGATCCATGATAATCATGAATGCAATTCCGTTGCTTGATTAATAT 2 1 3' arm Manihot_esculenta mirnest mir-399 0.0000000001 rco-MIR399c 0.00000000009 -39.4 ((((......(((((((..((((.((((((((.(((.((((((.............................))))))))).)))))))).)))).))))))).)))).... (-39.4)