mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGTCAATATC TATTGGCGTGCCTCAATCTAA GGTGATGGTTCAGTTGCTGGAGAGAGTGGTGCATAGGTGAAGGTATTGGCGTGCCTCAATCTAATTACATGGTTAAATGATATGTTTTAGCCAAGTACTTTTGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCTTCAATTAATTTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCT TTGAGAGATGGGAAACCCGTTATGTCTCATCTCTTCCAATTATGAAACCGATCCATCTCTTTTCATGGAAAGAATATGCATGTCTTCTCTCTATCTCTCTCTCTTTTTTTGGGCTACTTAGTGGAAAGCTTGAAGAACTGGAGAGTGAAGAGAGAGCTATTTGTAGCTATGGCTATGGGAAGATGAAGTTCGGATCATTTTCATGAGGTGATGGTTCAGTTGCTGGAGAGAGTGGTGCATAGGTGAAGGTATTGGCGTGCCTCAATCTAATTACATGGTTAAATGATATGTTTTAGCCAAGTACTTTTGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCTTCAATTAATTTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTTTCTTCTTCTTCATCACAATTTCTAGGTAATTACTTTGCTCCGTTCTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGC 4 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest MIR171_1 0.00000004 vvi-MIR171b 0.000000009 -57.9 (((((.((..........((((((((.((((..(((.((((((((((((((((.(((((((.((.(((.((((((((........)))))))).))).))..))))))).))))))))))...)))))).)))....)))).))))))))....)).))))).. (-57.9)