mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTGGGCATACTGCCAACTG TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGCTTTCATGTGGGTTTAACAAAGGGTTTCTTACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCCATCTGTAGAAATCTGTCTCTCTCACGAGCTCACATGGAGGTGGGCATACTGCCAACTGAGCTCTGTTGGTCTCTCTTTGTAAAACTCTCGTGATGTA TGATGATCCTCTGATCCTTCTAAAATATATATGCCCTATTACACAGAGAGAGAATGGAATGAGCCATCCAATCCAATCTGATTATTACTTATATCTTGTCTTTTTGAGTCTTAAGCCACTTCTCTTGCTGGCTTTTTCAATTAATTACACCCACCACCTTCCCTTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCATTTACTGTGCTGCTATCCTCGCATATTAAATAAACCCATCTGCCTCATCTAACTCTATCGTCCGAAAAACTTGTTATTACCAATTTTTATCTCCTTAGTTCTCTGTGTTTGTGTCGTCCTCCGGTGGTGAATACAAGGATAGTTTTAGCTTTCATGTGGGTTTAACAAAGGGTTTCTTACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCCATCTGTAGAAATCTGTCTCTCTCACGAGCTCACATGGAGGTGGGCATACTGCCAACTGAGCTCTGTTGGTCTCTCTTTGTAAAACTCTCGTGATGTATC 3 1 3' arm Manihot_esculenta mirnest MIR394 7e-16 ptc-MIR394b 1e-38 -63.3 .((..(((((.((((((.((((((((...((.((((((((((((((((...(((((((((((.((.((.((...((............)).)))).)))))))))))))...)))))).)))))))))).))...)))))))).)))))).))))).)). (-63.3)