mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GAGGCAGCGGTTCATCGATC TTGCTGTTTTAGGTTGGGGGTTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGGAGGATTTTGTTGTGAAATTAGCACAAACACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACCCTCTCCCTTTTTTCTCTCTG GGGAGAGAGAGAAGAACGTCCGGAAAAGGTGAACCTGGACTTGCTAGATTGCTATGGTAATCTGGTTCACGCCTCCCTTCTATGTCTCCTTCTCTTTCATTTCCTAATTCTCTACAGTATTAACTATTTACAAATGCATGCATATACTAATTTTGAAACTAAGCATTGCTGTATCAGTATATATACACATTCTCTCCAGATCTGTGGTCGTTTTGCATTGTTTCTTCGATTTTTGATTGATGATTATTTGTTTCATCTTTCGAGCAATTCGCTGATCGGCTTTCAGTTTTTTTTTTTTTCGTTGTGTTGCTGTTTTAGGTTGGGGGTTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGGAGGATTTTGTTGTGAAATTAGCACAAACACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACCCTCTCCCTTTTTTCTCTCTGTCTGTTTTCTGTTTGGTTTCCGAGAAATTGTTACAGAAAATAATCTATTTTATGTTTTTCCATATTCCCTGGGCTGAAATTTTGCGGCGCTTTCTTTGACTATTGGTTATTATTATTATTTGATACTCTAATTGAAGCTCGTTGCAGAAAAGCAAATGCGCCCCCGTCCAGCTATGGACTTGTTCCGGTAGCATTCTTTTTCCTATTATCCATTAATTTCTCACACGTCTCTACTACTGCTATAATTTTGGGTGTTGAATTTGAGCTTGGTAGTGCCTTTAGTCTTAGATTA 3 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest MIR162_2 1e-26 ghr-MIR162a 3e-33 -44.2 ..........(((..((((((...(((..(((((.((((.((((.((((((((((....))))(((((..(((((.......)))))......))))).)))))).)))).)))).))))).))).))))))..)))............ (-44.2)