mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC CTTTCTCTGAAATGAATTCAAAGGAAGTTTCTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACTCTCTTTGATCCTTTTTTTTTTTCCCTCAAAGTATATCCATAGATCTGATCTAAAGCATGTATGGGTATAAGGAGTAGATTGATCATCAGCTATAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTAAAGCTTCCGTTCTGATTTTTCAAGTTCTGCA CGAGACTCTGGGAGGATAAAGAGATAAGAGAAACTTGCTCAAGAAATACACACCCCCACAAACTAATTTCATCTCGCTCTTTCTCTGAAATGAATTCAAAGGAAGTTTCTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACTCTCTTTGATCCTTTTTTTTTTTCCCTCAAAGTATATCCATAGATCTGATCTAAAGCATGTATGGGTATAAGGAGTAGATTGATCATCAGCTATAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTAAAGCTTCCGTTCTGATTTTTCAAGTTCTGCATGTAAAGGTTTGGTTTTCTACAAATCCCTTTATTCTTTTTCTCTAATTTGTTATATCTGTCTATTTTCTGGGAAACATCAGGCAGTTCTACATCATGGGTTTTCATTTTTAGGCTCATAAAGGTTGTTAGACCTTTGCAGATTGGTATAATGATGAAGTATTTGACCCATCCACTTTGAATAAAAATTTTCATCATTACCCTCTTTTTATTTTTATTTTTCTGTTGTTGCGATGATGATGTTTTCTTGTCAGCCTTTTTCTAGTTCTTCATATGCAGATCTCTCTCATGATGGCTTCCAGTATCTGATCTGTTCGTTTCTGGTACCTTCAGATCTGGCTTTCAACTTTGGGACTCTCACAGTTCTC 4 0 5' arm Manihot_esculenta mirnest mir-166 0.0000000000009 aly-MIR166a 8e-16 -62.8 ........(((.((((.(((..((((((((.....(((.((((((((..((((((.((((.(((...((.(((((..(((.....((((.......((((((((((.((((.......)).)).)))))))))).)))).)))..)))))........)).))).)))).))))))..)))))))).)))...))))))))....)))...))))..))).... (-62.8)