mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGAGGTTAAGGTTGATGGG CGTCAACCAACCCTTTCTTG GATGCTGAGAGGTTAAGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTGACATAGGTTTGATCTTTTATCTTTGAAAATTTCTGTTTCTTGGTTTCTTTTTTCTGGAGAAAATTCAAAGATACATAGCCCTATGTAATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCAACCCTTTCTTGAT GGAAGGTATGCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATCGATGGATTAGGGTTTTTAGGAATCAGCAGAAAGGGGAAAAATCTCATTAATGGTTGTTTTTGAAGGGAATGTTGGCTGGCTCTAAGCATTCACAACGGGAGAAGAAGAAATCAGAAGCAGTGGAAGCTTTGGACCAGTCTTCATTCCCCTCAATATAAATACCATTTTCTTCTTCTTCTTCTTCGATCATATTGATGCTGAGAGGTTAAGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTGACATAGGTTTGATCTTTTATCTTTGAAAATTTCTGTTTCTTGGTTTCTTTTTTCTGGAGAAAATTCAAAGATACATAGCCCTATGTAATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCAACCCTTTCTTGATTTTCCGATCTCCCCTTCTCTTTCTTCCTAAGAAGAAGATGATGAACCAGTTCAGGTAATGCAAAGGTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGAGAAGTCTGTTGTTTTTTTCTCTTGATCAGAGGAGTCTCAGTGGTTAGACTTTGCATGGAGTCATTTTCTGAACCACTTGTCAAAAATTCTAACAAACAAGACCTGAAGATGCCTCTGCTAGTTGGTCCTTTACC 4 1 5' arm Manihot_esculenta mirnest mir-166 0.00000004 tcc-MIR166b 0.00000000000004 -63 ......((((((....((((((((((((((..((((((.(((((((.(((((((.(((......((((((((((..(((((.....................)))))...))))))))))..))).))))))).))))))).))))))..))))))))))))))...))))))..... (-63)