mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCC CGACTCTCCCTTGGCAAA GTGCATGGTCGAGGAATGGCAGGCGACTCTCCCTTGGCAAACGGATGATGATCACTATTCACCATGCAAATTAATGCATAATCTGCTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTTCTAATATCATAC GAACAGTGGCGTGCATGGTCGAGGAATGGCAGGCGACTCTCCCTTGGCAAACGGATGATGATCACTATTCACCATGCAAATTAATGCATAATCTGCTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTTCTAATATCATACATTTATCAAATGCAGTTTATTAACTATTCAACTTAACCTCTTTATCCATGCCATTAATGGGATTTCTTTTCTTTCTTTCATCATTTGGCAGGTAATTGCTTATGTCAGTGTTTTGAAGAGCACAAAGGATCAGCAAGTCAGTGGGATATTGATCCATGCTTGAAGAATCTATTGATGTGGAGCTGGATGATTATAAGCACTTGATTGATCCGCCAAACAGCAACTTTTCTTCAAAATCATCTCATTAATTATTATTTCCTTTTTGAATGTCGAAATTCAGAACTTTTATATTGGGTCTGAATCTTCAACGGCCTTTGTAGCATGCAATAATTTGCCCTTCGTTGAAACCCATTAACATTTTTACTCAAATATTTCAGGATTATGCAATGGGATTGGGTTTAGCTTATCAATGTAATAAGATGCACACGTGTGATCAATATATATACACATGCATG 2 1 3' arm Manihot_esculenta mirnest mir-399 0.00000003 vvi-MIR399h 0.000000002 -50.2 ....(((((..(((((((((((((((.(((((.(((((((((((((..(((.......)))..(((((......))))).))))).)))))))).))))).))).))))))))))))...))))).. (-50.2)