mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCC GCGATTCTCCTTTGGCAGG TACTCCTAGAGGGTAGTGAAGAATATCAGTGCGATTCTCCTTTGGCAGGAATTTGGTATTCTGCTGTTAACCAGTCTGCTAAACTGATAGCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGTTATTCAACTACACTACTAATTACACAA TACTCCTAGAGGGTAGTGAAGAATATCAGTGCGATTCTCCTTTGGCAGGAATTTGGTATTCTGCTGTTAACCAGTCTGCTAAACTGATAGCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGTTATTCAACTACACTACTAATTACACAATTGTCTCGTAAATGCATGCCATGTTCAACTGCCCAAGGCACTGATGGTTCTGGTTGAAGAGGCAACTTGAAGCAGACACATTTCCAGGATATCTTACTCGCAGGCAGATCATAGATACAGCTGGAATATTTAATTAGGGAAACCCTAGCTACATGGAAGTTTTAGTAAACTCTAATGAAATGGTTTTTGCAATTTCTAGATTCTTATATGCCCAAAAGTTGAAGTTGAATTTGAAGGGCAGTATTGAGGAGTCGATGCAATTTTATCAATGAAATGAACAATCATCTAGGAAGAGAGAGGATTACTAACCCTTTGGCCGCTATCAGTTCTCTTCGTCTCCCAGTAGCAGCATACCAAAATCACAACAAACTCCAACGCC 1 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest mir-399 0.0000000005 vvi-MIR399a 0.0000000005 -48.1 ......(((.(((((((...(((((.(((.((((((((((((((((((...(((((((....((((.....)))).))))))).......)))))))))))))))))).))).))))).))))).)).)))......... (-48.1)