mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGATTCTCCTTTGGCAGGA CTGCCAAAGGAGAATTGCCCT TACTCCTAGAGGGTAGTGAAGAATATCAGTGCGATTCTCCTTTGGCAGGAATTTGGTATTCTGCTGTTAACCAGTCTGCTAAACTGATAGCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGTTATTCAACTACACTACTAATTACA TACTCCTAGAGGGTAGTGAAGAATATCAGTGCGATTCTCCTTTGGCAGGAATTTGGTATTCTGCTGTTAACCAGTCTGCTAAACTGATAGCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGTTATTCAACTACACTACTAATTACACAATTGTCTCGTAAATGCATGCCATGTTCAACTGCCCAAGGCACTGATGGTTCTGGTTGAAGAGGCAACTTGAAGCAGACACATTTCCAGGATATCTTACTCGCAGGCAGATCATAGATACAGCTGGAATATTTAATTAGGGAAACCCTAGCTACATGGAAGTTTTAGTAAACTCTAATGAAATGGTTTTTGCAATTTCTAGATTCTTATATGCCCAAAAGTTGAAGTTGAATTTGAAGGGCAGTATTGAGGAGTCGATGCAATTTTATCAATGAAATGAACAATCATCTAGGAAGAGAGAGGATTACTAACCCTTTGGCCGCTATCAGTTCTCTTCGTCTCCCAGTAGCAGCATACCAAAATCACAACAAACTCCAACGCC 3 0 5' arm Manihot_esculenta mirnest mir-399 0.0000000005 vvi-MIR399a 0.0000000004 -48.1 ......(((.(((((((...(((((.(((.((((((((((((((((((...(((((((....((((.....)))).))))))).......)))))))))))))))))).))).))))).))))).)).)))...... (-48.1)