mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACTGGGAACAGGCAGAGCATG TGGGGAAGCGGGGAAAGAAAGAGGCTGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATTAATGGAAATATCTGTTTTGGCTCCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCCTCCTTTTCTCCCTCCTCACTT GCCCACAAAGAATGTGGAGGAATTTGGTAGATTTCTCGCTGCAAAATAGCATGGTATCAGCATGGCAAGGCAAGTGAATGGGATTTGGGTTTTGGGGAAGCGGGGAAAGAAAGAGGCTGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATTAATGGAAATATCTGTTTTGGCTCCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCCTCCTTTTCTCCCTCCTCACTTTTTTTCGTTTTCACAATTTCGTGCTTATACTTCATTTAAGAACCCTGTTAAGGGAATTGTTAGCATTGATGTTTGGAATTTTCTGCGCATGATATTTTTATGTCTAACGTTGAAAAATCCTTTTGCCTGATTTAGACTAACATATGCTGACCCTTATCGCTAGATTAGCATTTTATTTATCTCTTTGATGAATTGATACATCTTGAAGAATGAAGAGATGATGATCGATGCAATTCCATTTTCTATACTGGGTCTTGACTCTTGAAGAGAGATGGTTTTGGCCAAGGGAAATATCGTTCCGAGGACGTTGATGACTATGAATCCTGAACTCTCGTTTTGTCAAAACCAATTCTTGAGAAGAAGTCTAAGGAAATGTACCTAATCTTCTTGTTACATTATAGCATATTGAATACAGATTTTCTTGGTTTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAATC 5 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest MIR408 2e-31 ptc-MIR408 4e-29 -70.5 ((((((...((((((((..((.(((((...(((...(((((.((((((.((((((.((((((((..((((((....)))))).)))))))).)))))).)))))).)))))...))).))))).))..)))))))).))))))... (-70.5)