mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGGGAACAGGCAGAGCATGG ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC GCAAGGCAAGTGAATGGGATTTGGGTTTTGGGGAAGCGGGGAAAGAAAGAGGCTGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATTAATGGAAATATCTGTTTTGGCTCCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCCTCCTTTTCTCCCTCCTCACTTTTTTTCGTTTTCACAATTTCGTGCTTAT GCCCACAAAGAATGTGGAGGAATTTGGTAGATTTCTCGCTGCAAAATAGCATGGTATCAGCATGGCAAGGCAAGTGAATGGGATTTGGGTTTTGGGGAAGCGGGGAAAGAAAGAGGCTGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATTAATGGAAATATCTGTTTTGGCTCCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCCTCCTTTTCTCCCTCCTCACTTTTTTTCGTTTTCACAATTTCGTGCTTATACTTCATTTAAGAACCCTGTTAAGGGAATTGTTAGCATTGATGTTTGGAATTTTCTGCGCATGATATTTTTATGTCTAACGTTGAAAAATCCTTTTGCCTGATTTAGACTAACATATGCTGACCCTTATCGCTAGATTAGCATTTTATTTATCTCTTTGATGAATTGATACATCTTGAAGAATGAAGAGATGATGATCGATGCAATTCCATTTTCTATACTGGGTCTTGACTCTTGAAGAGAGATGGTTTTGGCCAAGGGAAATATCGTTCCGAGGACGTTGATGACTATGAATCCTGAACTCTCGTTTTGTCAAAACCAATTCTTGAGAAGAAGTCTAAGGAAATGTACCTAATCTTCTTGTTACATTATAGCATATTGAATACAGATTTTCTTGGTTTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAATC 4 0 5' arm Manihot_esculenta mirnest MIR408 3e-31 ptc-MIR408 5e-29 -80.4 ...(((((.(((((.((((...((((...(((((...((((((((..((.(((((...(((...(((((.((((((.((((((.((((((((..((((((....)))))).)))))))).)))))).)))))).)))))...))).))))).))..)))))))).)))))))))..))))...))))).......))))).. (-80.4)