mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTACATTGTGAAATGGAGGA CTCCAGTTCACAATTTAAGTC GGAGTGTACTCCCTCCAGTTCACAATTTAAGTCAGTGTGGCATTTCCCACATTCATATTGAAGTTAATGAATGTAGACATATATATGTATGTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGAGAATGCTGAAATGACTTACATTGTGAAATGGAGGAAGTATGTAG GCCTCGGTCATGGGCAAGGCCGCGATCTACTTCCCCCCTGATGACATGAAGAGCCCGGTCATCCGTGGAGCGAGTTCTTGGTTTCACTTGGTGGCGTTCGAGAAGACAGTTTCAGGCAGAAAGCGATGATACGAGAGATANNTGGCAGATGTGTTGTTCATAGTTTTGTGTTGAGGTGAGCTTGTTTCTGCTGTACATGGTTGACAGTGGTGGAGTGTACTCCCTCCAGTTCACAATTTAAGTCAGTGTGGCATTTCCCACATTCATATTGAAGTTAATGAATGTAGACATATATATGTATGTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGAGAATGCTGAAATGACTTACATTGTGAAATGGAGGAAGTATGTAGTTAGCCTTTATCCAGGATTATATGGTATATACCTTACTGCAGTCTATAGAAGAGGCCAAAATGTTTAC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-42 osa-MIR808 2e-49 -79.4 .....(((((.((((((.((((((((.(((((((...((((((((.(((((((((((((((.((((((((((....((((((....))))))..)))))))))).))))))))))))))).))))))))...))))))).)))))))).)))))).))))).... (-79.4)