mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACTGGGAACAGGCAGAGCATG GGTAAAGAAAGAGACGGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGGTGGAACTATTAACACAAGTATCTGTTTTAGCACCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGCGGGTCTTCTTTTTCTGC GGGTAAAGAAAGAGACGGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGGTGGAACTATTAACACAAGTATCTGTTTTAGCACCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGCGGGTCTTCTTTTTCTGCTCCCTCACTTGTTTTCATTTCCATCTATTCTCGATTCAAAGTCCCTGTTTGAGGGAAATATTAGCCTTCATGTTTGGAATTTACTGCGTATCATATCATTATCGGTAACAAATTTGCAATTTTCTTCTGTTCAATATAGACTAATATTTCCTGACGCTTAGTATTTTATTGTCCGTTTTCTGATGAGTTGATAAATCACGGAGATTGGAGAGATGATGATTGTTGCGGTTCCATTTTCTGTAATGGGTCTCCAGTTTTCTGTCTGATAGTGCTAAATCCACGTCCTTTTTGCCAATGGAAATTTCGTTCACAGTGAGGTTATGAAGTCCCGTTCTCGACTATTGTCATGTCAAGCAAATCTTTAAGGAGCAAGCAGAGTTGAAGAAATTTAGCTATATTCAATTACTTACTGAATACAAATTCTTTGTTTGTAACAGAAATTAATTCAAATAATATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAATCG 5 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest MIR408 5e-22 ptc-MIR408 8e-21 -55.4 .....(((((((((.((((.(((...(((((.((((((.((((((((((..(((..((((........)))).)))..)))))))))).)))))).)))))...)))....))))))))))))).. (-55.4)