mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGGGAACAGGCAGAGCATGG ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC GGGTAAAGAAAGAGACGGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGGTGGAACTATTAACACAAGTATCTGTTTTAGCACCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGCGGGTCTTCTTTTTCTGCT GGGTAAAGAAAGAGACGGACAAAGACTGGGAACAGGCAGAGCATGGGTGGAACTATTAACACAAGTATCTGTTTTAGCACCACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGCGGGTCTTCTTTTTCTGCTCCCTCACTTGTTTTCATTTCCATCTATTCTCGATTCAAAGTCCCTGTTTGAGGGAAATATTAGCCTTCATGTTTGGAATTTACTGCGTATCATATCATTATCGGTAACAAATTTGCAATTTTCTTCTGTTCAATATAGACTAATATTTCCTGACGCTTAGTATTTTATTGTCCGTTTTCTGATGAGTTGATAAATCACGGAGATTGGAGAGATGATGATTGTTGCGGTTCCATTTTCTGTAATGGGTCTCCAGTTTTCTGTCTGATAGTGCTAAATCCACGTCCTTTTTGCCAATGGAAATTTCGTTCACAGTGAGGTTATGAAGTCCCGTTCTCGACTATTGTCATGTCAAGCAAATCTTTAAGGAGCAAGCAGAGTTGAAGAAATTTAGCTATATTCAATTACTTACTGAATACAAATTCTTTGTTTGTAACAGAAATTAATTCAAATAATATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAATCG 4 0 5' arm Manihot_esculenta mirnest MIR408 6e-22 ptc-MIR408 7e-21 -55.5 .(((..(((((((((.((((.(((...(((((.((((((.((((((((((..(((..((((........)))).)))..)))))))))).)))))).)))))...)))....)))))))))))))))) (-55.5)