mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCA CGTCACCATCAAGATTCACA GAAAAACCATTGATCAGTCAGTATTGGCGGATGCGTCACCATCAAGATTCACAAAACTATGAAGGCTTCATCGGGACGGTGAGTGTACGGCCGGCGGCGGTGGCTCTTCTTACTTAAAAGGTTTCCTTTTTCGTATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAAATATCTGACTACAATATGGGGAC GTGGGTTTCCTTTGGTTCAAGGTGGGTAATGGTATTCTTCTAGGGTTGGGGTTTGGCGATCTGGTTGCTTGATGAGATCTCAGAAAAACCATTGATCAGTCAGTATTGGCGGATGCGTCACCATCAAGATTCACAAAACTATGAAGGCTTCATCGGGACGGTGAGTGTACGGCCGGCGGCGGTGGCTCTTCTTACTTAAAAGGTTTCCTTTTTCGTATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAAATATCTGACTACAATATGGGGACTTGTTTACTTACCTTATCAAAAGATCATAATTCGCCAGGGATACGGAGGAAATGAGTTCCGGGTTTGCTGGATCAAGGTATTAAAGAACTACTTTAAGTTGCTCGATTATTACAATGAAGGTGATGCCTCTTTTTCTTTAACTTGTCCATAATTTCATGCTTTTTCTTCACAGTGCTTAATTTCAGATTACTGTATCTAAGATTGAATAAACAGC 3 0 3' arm Manihot_esculenta mirnest mir-172 0.000000003 bdi-MIR172a 0.0000000006 -54.7 ......((((.....((((((((((.((.((((((.((.(((((((((((.((.......(((((..((((((...((((.........))))....)))))).))))).(((..((((((...))))))..))))).))))))))))).)).)))))).)).)))).)))))).....)))).... (-54.7)