mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATAGCATCATGAGCAATCA ACTGCTCATGATGTTATATCG AAGCTAAAGCACACATATAGCTACATTAATTGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTAGATTTTTGCAGAGTGACTGCTCATGATGTTATATCGTTGTGAAGCTCTTTGTGTGCTACCATCC AATAAAATACCCATATGATTTCATGAATGCTGCTCCCAGAAAGCAGCATTAAAATGATTAATCATACTAGAACTGCATATACATGAAAATCAACATTCTTAACTGCTAACAGCTGCTTAATTAAGGAAGAACATACGTAAGTTTAATCTTAAATTAGAGAGGAAGACGTAGAGAGGGTAATAATTTTGGACATGTACAAGTCCAAGCTAAAGCACACATATAGCTACATTAATTGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTAGATTTTTGCAGAGTGACTGCTCATGATGTTATATCGTTGTGAAGCTCTTTGTGTGCTACCATCCACCGGAATATTCCTTTCTATCGGAATCCTCCTCCTCCGAGAGCCGGAGCCCAATAGTCTGCTCCATTATCACTTCCGACCTGCAGAGTGCAGGTGCAGGGAACCAGACACAACCCTCTACTCCTCAAGTCCTTCTTGGGTTCTTCATTATGGTCCTGCTGATATTTAGCTCCTTTCCTCTTTACGCAGTGGGCATTCAACAACTGACCTGGATCCTCAGGAATTATACAATTCCTTTCACCCTACATAGATGCATCGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG 1 0 5' arm Manihot_esculenta mirnest 100 100 -44.5 .......((((((((...((((.(..((((.(((((((((((((((((.(((..(((((....))).))..))).))))))))))))))))).)))).).))))...))))))))....... (-44.5)