mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGT TGGGATCAGGCAGAGCATGA GTATTGATACTGGGATCAGGCAGAGCATGACTGGAGCTACCTATATACACATTTGTTCATTGAGTCACAGAAGGAAACACACACATATACATACACACTTAGATAAAGACATGATACATCATCTCATCTATTGTGTCTATTCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGTTCTCTCT CATAATCTGAAAAACCATATCAGAGATGAGACCCGGAAACTTAGACATCAGATGTATTGATACTGGGATCAGGCAGAGCATGACTGGAGCTACCTATATACACATTTGTTCATTGAGTCACAGAAGGAAACACACACATATACATACACACTTAGATAAAGACATGATACATCATCTCATCTATTGTGTCTATTCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGTTCTCTCTTTCTTTTTCCTTTTTTATTTATCTTTT 3 1 3' arm Arachis_ipaensis mirnest MIR408 0.0002 ahy-MIR408 0.00000004 -35.7 .....((.(((((((..((((((.(((((.(((..(((........(((....)))......)))..)))..((((...............((.((((.(((((...((.((((....)))).)))))))..)))).))))))))))).))))))..)))).)))..))... (-35.7)