mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG TATCAATACATATGGTCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTTCCCTAATTTTTTTATCTTTTGTTTTTCCTCTCTCAGATCCAATTTTTTCTTTGGTAAATACTTATAATTTATCAAAAAAAAAAAAAGATGGATTTTTGGGAATTGAAAGATGGAAAATTTTAATTTGTGGGTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAAATAGGCCCAACAAAAATTCA CTCTTTCTCTCTCTACTTTTTTTTTCTCTGTTTCTCTCTCTACCCCTAACTAGGGTTTAGCCCCTTCCTTAGGTCGGGCCAAATACCTAATAGATACACATACATACCCAATCAAATCAAAATCCAAATTATCAATACATATGGTCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTTCCCTAATTTTTTTATCTTTTGTTTTTCCTCTCTCAGATCCAATTTTTTCTTTGGTAAATACTTATAATTTATCAAAAAAAAAAAAAGATGGATTTTTGGGAATTGAAAGATGGAAAATTTTAATTTGTGGGTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAAATAGGCCCAACAAAAATTCAAGATCCGCCCTTTTTTTTTGCTGATCGATGATGGCTCTCTTCTTCTATTATGGTTCCTAAGTCCATCTTTTTTTCAATATATTTTTATCTTTTTGATTGCTATTTATTTAGATTTATCTTTTTTTTTTTCACGTCTTTTTATTTTTTTTACCTCATCTTTGTGGGTCTAACCCTAGTGTCCATAAGGGAAAGGGAATTGTATGTAATTTTTTTTCATTATATAGATGTTCTT 1 0 5' arm Mesembryanthemum_crystallinum mirnest MIR396 0.000000000004 lja-MIR396 0.000000000000003 -81.8 ............(((.(((.((((((((.((((((((((((.((((((((((....(((.((.((((((((((((((...(((((.....(((((((.((((((.((((((((((.......)))))))))).)))))).....)))))))..))))).)))))))))))))).))........))).)))))))))).)))))))))))).)))))))).))).)))........... (-81.8)