mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATGTTATATGATTCTTCAT AAGGTTTTCACATTGCATGGGA CATATGACCGATAAGGTTTTCACATTGCATGGGACGAGTAGAATAAGAAAGATTTTTGCTATCACGAAATAAGAATTTGTTGTTGAAGAATCCATTCTTCGTAATTTTGCAGAAGCTGCTGTACGAGCAAAGGTACCAGCTTGTCCACTAGGGTTTGCGTCATTATATTTCCTGGACCCTCAACTGCTAATACGGGCAGTAACGCAAACGGCTGTGTGTAAATCTCAAGAACGAGATTCAACTTCACGTCAACATTCAAGAATTGTTCGGTATCGATAGTCTCCCATGTTATATGATTCTTCATCGAAGCTGA CATATAAACTTATGTAGTATAAATGAATGTACAATATGTTGGTTTCGAAAACTATATATACATCATGAGATTATCTGTTTCCTTCTTCGAAAAAAAAATCGGAAAAAAAAGACCATCTGTGTCCGCGCCAAATTTTCTCTCTCTTCAACGGCATTATGTCGCATATGACCGATAAGGTTTTCACATTGCATGGGACGAGTAGAATAAGAAAGATTTTTGCTATCACGAAATAAGAATTTGTTGTTGAAGAATCCATTCTTCGTAATTTTGCAGAAGCTGCTGTACGAGCAAAGGTACCAGCTTGTCCACTAGGGTTTGCGTCATTATATTTCCTGGACCCTCAACTGCTAATACGGGCAGTAACGCAAACGGCTGTGTGTAAATCTCAAGAACGAGATTCAACTTCACGTCAACATTCAAGAATTGTTCGGTATCGATAGTCTCCCATGTTATATGATTCTTCATCGAAGCTGAAAAGTGCTCGTTCTGGCGCTCCACCACTTCAGAACCCTCAAACTTGCATGATAACATCTCAACTAGACAGTCTTCACTACTTGGAGTTACTTGTAAGTCCAACACCGGCGCAACCCTAAAGTTAAGAAGTTGAAGCTGTGGCAGAACGCACCTGTACAAATTGGAATCAAGGGATTGGCAACTTTGCAAGGCCCTCGTGTTCAGCGACGCTTCAATTCCAGACGGATGGCTGAAAAACTCACTGATACTGTAACTGCCAC 5 1 3' arm Mimulus_guttatus mirnest 100 100 -73.2 ........((((.(((...(((.((.((((((((.((((............))))..((((((.((((...((..((((.((((((.((.((((......(((((..((((((..(((.((.((((((..........)))))).)).)))..))))))..)))))......))))...)).((((((......))))))...((.....)).(((.((.((((((......))))))..))..))).))))))..))))..)).)))).....)))))).)))))))).)).)))..))).))))....... (-73.2)