mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGTTGAGTGCCGCGTTGATG GCGTGTGGTTTGCGATGGCG CCGCGTCGACTTCCACTACGGTTAGCGTGTGGTTTGCGATGGCGAAGAAGAGCTCGTCGTTGAGTGCCGCGTTGATGATCCGCAGGAGGTAGGTTTTG GGGCTTGGTTGGCGCCGGACCAGGACATTCGTTGTCTGGCCCGGGGCAATCAGGATTGCTTCGGTCGAGAAGGGCTTTGTGTAGACCGCGTCGACTTCCACTACGGTTAGCGTGTGGTTTGCGATGGCGAAGAAGAGCTCGTCGTTGAGTGCCGCGTTGATGATCCGCAGGAGGTAGGTTTTGCCTTGCTCGACTTCTATTGCGTAAGTGTGTTTTTCGGAACACGGGTAGAGTGGGCCCGGCTTGCCGTTGATAGTATGCGCATCGGACATCTTCGGAGGCAATCCGAGCTTATTTCCTTGTTTAACAATCTCTTCAACATCATCATTCCACCACTCCCCTAGGACTAAATTAAACTCGAAAGCAGGCTGAGGAAAAGGATAAGGAACCCCAATTTTGGGCATAATTACAATAGCACCATAAACAGTAGCTCTTAGCCAAAATATATGTGCATGCCACCATAGTGTTCCTCGTTGACCGGTTACATTATAATCGTACGTGTAACTTTGACCGGTCTGAACCGGACATTGTGTTATATAAGCCGGTCCATCTGCCCACCCGTTTCGGTATTGCTTCATTCCATGCCAGTGAATGGACATGTTATATTGTGCATGGTTAGTGACGTTAATAAGAAGTCGATCTCCTTCTCTAACGTAGATCGTTGGCCCTGGGAAACATCCCGGTTTACCGTTACAATTGGCTTCGAATGGCACAACCTGCTCACATTCTTCACTTGAATGTCGAACTGGTATTTTT 5 1 3' arm Mimulus_guttatus mirnest 100 100 -27.7 .....((.((((((....((((((.((.(((((...(((((((((........)))))))))...)))))..)).))).)))..)))))).))..... (-27.7)