mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGGAGGATTCGACGGTGCT CGTTGTCGTACGCTCTGGCTG AATGTCTCCCTGCTGGAGGATTCGACGGTGCTGCTCTGGCTGGGGCTGCGGATATTGGTGAAGAAACCATTGGCTTTGTTGATGTCCGTATCGGGCGGAGGAAAATTCGTCTTGGCCTTGGAGCCGCGGAATCGGCGGGCGGCGTTGTCGTACGCTCTGGCTGCCTCCTCC GCATTCCGTTCATTAGCTCTACTATTTCCTGCCGGGATTCCGGACGGAGGTTCAGCATCGTGGAATGAAGCGGCATAATCTTAACGAATTGACCGGCGGCGGCGGCGGCGGGAACAGGGGCGTCAGGGCGGAGATGGCGGTTCTGCTGGAAGGGGAATCTCATTCGTCGGGGGCCGATGGTGAGGTCCAAGAGGGTTGAATCCAGCACCGCCGCCGCCGGCGGCGGAGGCGGCGGGAATGTCTCCCTGCTGGAGGATTCGACGGTGCTGCTCTGGCTGGGGCTGCGGATATTGGTGAAGAAACCATTGGCTTTGTTGATGTCCGTATCGGGCGGAGGAAAATTCGTCTTGGCCTTGGAGCCGCGGAATCGGCGGGCGGCGTTGTCGTACGCTCTGGCTGCCTCCTCCGCCGTGTCGAATGTGCCGAGCCACACGCGGCTCTTCTTGCCCGGATCCCTGATTTCAGCGGCGTACCTACCCCAAGGCCTCTTCCTCACGCCTCGAAAATGCGTTTCGTGTTGGCCGGTTTCCGCCGCCGCCCTAGGCCTCGGCGCCATTACATATACACTGTATGTAAATTAATGGTTTAATTTTTTTGATTAGAGGAATAAATTAG 4 0 5' arm Mimulus_guttatus_var._nasutus mirnest 100 100 -61.4 ...........(((((((....((((((((((((((..(((((..((((((.((..(((.((((...(((((((...)))))))(((((.....))))).((....)).)))).))).))...))))))..)))))))))))))))))))....))))))).......... (-61.4)