mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGAGCTTCTCGAAGATGTCG GCATGTTTAGCAAGCTCGCCG CCCTCAGAAACAGCATGTTTAGCAAGCTCGCCGGGCAAGACCAACCGGACGGCGGTCTGAATCTCCCGGGAAGTGATGGTGGGCTTCTTATTGATCCTGGCCAATCGGGAAGATTCTCCGGCGAGCTTCTCGAAGATGTCGTTAATGAAG GAAGAAGGAAAAGTGATCCGTGGAATTAATTCGTTAAGCAAACGAATACAGGATTTAATAAACCTATTTAAACAGCAGAGGAAATAAAAAAAAGAAAAGCAGGAAAACAAACAGTCCTAATTACAACAGAGCAACAAAACCCAGAGAAAATCTAAGAACTAGTGAACTTGGTAACAGCCTTGGTACCCTCAGAAACAGCATGTTTAGCAAGCTCGCCGGGCAAGACCAACCGGACGGCGGTCTGAATCTCCCGGGAAGTGATGGTGGGCTTCTTATTGATCCTGGCCAATCGGGAAGATTCTCCGGCGAGCTTCTCGAAGATGTCGTTAATGAAGCTGTTCATTATACCCATGGCTTTGCTGGAGACGCCGATATCTGGGTGGACTTGCTTCAGCACCTTGAAGATGTAGATCTTGTAAGTTTCCACGCTCTTCTTCGTCCTCTTCTTCTTCTTCTCTACTCCGCCCACCGCCGCCTTGCCGGCGTCCTTCGGGAGCTTCTTGCCGGCCTTCGGCTTCTTCTCTGCCGCCGCCGCTGGAGACTTTTCTGCTGCGGTGGTTTTCTTCTCCTCTGCCGCTGGCTTCTTCTCGGCGGGTTTCTTTTCTGCTGCCCTGGGAGCCATTTTTTTTTTTTTTGTTGCTGGGTTTTGGTTTAGAATGAGGGTTTGTTTGGGAACCGACGAACTTGTAGACGGTCCAAACGCGTC 2 2 3' arm Mimulus_guttatus_var._nasutus mirnest 100 100 -51.9 ...(((..(((.((((.(((((.((((((((((((..(((((..((....)).)))))(((((((((((.......((((.((..((.....))..)).)))).))))).)))))))))))))))))))).))).)))).)))..))).. (-51.9)