mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATCA GTGATGGTGGTGAAGATGGTG AACGGATCAAATCATCATCATCATCATCATCATCAGTGCAGGTAGGTAGTAGTCTGGTACTGGTGGTAGCCATTTCCAAAGAAGCTTCCATGATTAGGCGAAAAGTTATAAGCACCACCACCGAAAAACGAAGGAACTTGATGGTGATGGTGGTGAAGATGGTGGTGGTCGG AAACACAACATTAGAAACAGTTGCATCTGTTAAAAGCATGGTAATATTAGCTTTTACAACAACAGACTAGAAAATTAACAAATATTAAAATTCTCCCAGGAGGTCGAACATATTACACAATTAAAGAAAACAAATCGGAAAATAACAGGGTCAACACTAACAGTCAACGGATCAAATCATCATCATCATCATCATCATCAGTGCAGGTAGGTAGTAGTCTGGTACTGGTGGTAGCCATTTCCAAAGAAGCTTCCATGATTAGGCGAAAAGTTATAAGCACCACCACCGAAAAACGAAGGAACTTGATGGTGATGGTGGTGAAGATGGTGGTGGTCGGTGGGCCCCGCGTAGGCAGCGGAAGTGGGCCTTTCGTAGATGTACTGCGGGTACCTATCGGTCGTTCTAGCGGTGTGGGTGACAGCGACATTAGCAGCAGCCACTCGAGGTGGTGGTGGTGGTGCGTGTACACCACTTGCACGGGGTCGCTTGGACTGAGGCTTTCCAACTTCCGTTGCTCTTTTTTTATCGGCTTTGGCTTTCTCGATTTCGATGAGTTGTTTCTGGAGTGGGTCTGTTGGGAATTGGTGCTCGAGTTTGTGGTCTTCGATGCACTTTATTACAGCTTTTAGTGATGTCAGCTCTTTCTCGTTCACATCGCTCTGTGTAGAAGAAGTGGGCGATGCGTTCCCAGGTTTGGCAGACGATTGCACTTTTTTGGCCTCGGATAGTAAGATTTGAGTAGAGAATGGGTGAAAACTGATTGTGAGCTCGAATGCAAAGCTAAATGAC 1 0 5' arm Mimulus_guttatus_var._nasutus mirnest mir-598 0.0002 100 -52.2 ....(((((.((((((.((((((((((((((((((((((..((((......(((((((....((((.(((...(((....)))))).)))).)))))))......))))..))))..((..((.....))..))....)))))))))))))))))).))))))..))))).. (-52.2)