mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTGAGTTGGCTCATCTCTC TGACGACGAGCTGAGTCAGGAGTG AACACCCTGTGGTCCGGCACTGTGGCATTGGTTGACGACGAGCTGAGTCAGGAGTGGAAGGATCGCATAGGGGTAAATCGGGTATTTCTCAGGGATCTGAACAGTTTCTTGGCCGCCGATTCTCGCATTGAGTTGGCTCATCTCTCCATCGGTGATGGACTCACTCTCTGCAGGC CTTTTCACAGATTTAGAGCTTTTATTCATTCTTTCAGAGTTCTCCAGATTCACATTCTTCCAAAGATGAAAGACAAATTCTCATGCACCATTCTCCAGAGCGAAGCCCTCACTAAGTACCTACTGGAAACAAGTGCGTACCCAAGAGAGCATGAACAACTCAAGGAACTCAGGAACGCCAGTGCTGAGAAATACCAACAGCTGAGTGCGATGAACGTGCCGGCGGACGAAGGGCAATTCATATCACTGCTGCTGAAAGTGATGAACGCAAAGAAAACAATTGAAGTTGGTGTTTTCACTGGCTACTCTCTTTTGGTCACTGCTCTTGCTCTTCCTCATGATGCCAAAGTAGTTGCGATTGATCCAGACAGAGAAGCATACGAGACAGGGTTGCCATTCATAGAGAAGGCAGGTGTTGCACATAAGATACAGTTCATTGATTCAGATGCCATGACTGCTATGAACGAGTTCCTTGATAATGGAGAAGAAGAGACATTTGATTTTGCATTTGTGGACGCGGACAAAGAGAACTACGTGAACTACCACGAGCAGCTGCTGAAGCTGGTGAGGGTTGGAGGAATTATAGCCTACGACAACACCCTGTGGTCCGGCACTGTGGCATTGGTTGACGACGAGCTGAGTCAGGAGTGGAAGGATCGCATAGGGGTAAATCGGGTATTTCTCAGGGATCTGAACAGTTTCTTGGCCGCCGATTCTCGCATTGAGTTGGCTCATCTCTCCATCGGTGATGGACTCACTCTCTGCAGGCGC 4 2 3' arm Mimulus_lewisii mirnest 100 100 -50.8 .....(((((((((((.(((((......(((..((.((.(((((((.((((..(((..((((((((.((((((....((((((...........)))))).....))))))...).)))))))))).)))).))))))).)))).))).))))).))))))........))))). (-50.8)