mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGAGGGTCCCCATGTTCTCA AGGACACGGCGAATCCTCTATT TTTCTTGGTCAGGCAAAATTCTCCTATCTTTGAGGACACGGCGAATCCTCTATTCTCTCTTCTGCACTGCCGCCTCGTAAATCACTACTGTGATGTTAGTGTTTTTTATTGGGCCTAGGCCCAGTGGTGTGTAGCAAAGCACAATAGAGGGTCCCCATGTTCTCATAGTTGGACTGAGTTTTACAATAATATCA ATGATTCAATTCATTCATGACATTATAATATACGACTATTTTTCTTGGTCAGGCAAAATTCTCCTATCTTTGAGGACACGGCGAATCCTCTATTCTCTCTTCTGCACTGCCGCCTCGTAAATCACTACTGTGATGTTAGTGTTTTTTATTGGGCCTAGGCCCAGTGGTGTGTAGCAAAGCACAATAGAGGGTCCCCATGTTCTCATAGTTGGACTGAGTTTTACAATAATATCAACGGGCTTAAGGAGTGGAGCCACTTTAACGGATTGGACACTTTAAACTATGCGTGACGAATAAATGTCGAGGAGTGT 2 1 3' arm Arachis_ipaensis mirnest 100 ahy-MIR3508 4e-39 -53.4 ..............((((((((((...((.((((((((.((.((.(((((((((....(((((((((.(((((...(((((.(((((.(.....).)))))...)))))(((((....))))))))))))))))..)))...))))))))))).)).)))))))).))..)))..)))))))............ (-53.4)