mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAATAAAAATGATAATGAAG TTATTGTTGTTGCTCTTAGTT TTTCAAATATTATTATTGTTGTTGCTCTTAGTTACATTAAATTAATCTATTACTAATAAAAATGATAATGAAGGTGTGTGAT TTCAGATCCCACCAAGGTCAACTTTATCTTTCATTCTTTCAGGATTGATGAAATAAAATATTAATTAAGTATTGAGGTTGATGAGAATGACTTAACCAACACCTCTTAATTAGGTGAGTCGGTGGAATCATTGGAGCATTGGAAGAATGCTTTGTGGAATTTTTTTCTGGTTTTTTATGCTGAGTTCACCATTGCTTTTCATCCCTCTAAGGTTGATAAAATAAAGTACCAGCCAAGTGCTGGGGATCAAGGGTATCAACTCACCCCTCCCCTAAAAATAATGGTAGTGATAATTATTATTATTACTATTATTGTGTTAGCCAGGATTAGAGTTTTCGGGTACCAAGTGGTCAGAAAATATTGTATACATAAAATGAGGGACATGTTTGAGGTTTGGTAATGATTTACTGGTTTCAGGTTTCTTTTTTTTTTTTCTATATTTTGCTTTCTTTCTAAACTTCCTATTATATTTTGGGGGAATTTGAAAATCTTCGGAATTTGATTAATGGAATTTCAAACTTTATTGGTTCAAACAAAAAGGAATCCTGTTTCTAAACCATAAAACCATATTTATGATGGGAAGAACTATCACAATCAATCAAACCCACATTTCAAATATTATTATTGTTGTTGCTCTTAGTTACATTAAATTAATCTATTACTAATAAAAATGATAATGAAGGTGTGTGATAATAGGGAAGAAGGTGACACTTGGTATGGAAGGTTAATCTGCCTCAGGCTACTGGGCTGGC 5 0 3' arm Mimulus_lewisii mirnest 100 100 -14.2 ..(((.(((((.(((((((((((....(((((((.((((...)))).))..)))))....))))))))))).))))).))). (-14.2)