mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGAGAGCACA TGCTCTTCGTCTTCTGTCAAC AGGAAATTCGTTGACAGAAGAGAGAGAGCACAGGCTGCCATTGGCAAAGATTGTTTGCTTTTCGCGGGATTGTGCTCTTCGTCTTCTGTCAACGACTAGTC AAGCTGCAGAAGAACTGGTACTTTAATTTGTTGAGGAAATTCGTTGACAGAAGAGAGAGAGCACAGGCTGCCATTGGCAAAGATTGTTTGCTTTTCGCGGGATTGTGCTCTTCGTCTTCTGTCAACGACTAGTCGGAAGAATTTCCACTAACTTGAGGCCTCTTCTTCTGTGTGTTTTCTGGCCTAGCTTCAGATGTTATCTGCACTTTATGCATTTATATATAGGGTGTGACATGCAATAATGTTTTTTAAGTTTATATAAAATTCTGCATCTATTATAGAAGTTAACTGTTACATATTCTGAAGGTTTAACTTTTCATCAAAGTTGTGAGCACTTCTTGCTGGACCTTGAAATGAAAAAACCATCATTTATACTATGTGTTATCTGAAGCATGATATTATAATACCCTTTGAATACAAAATCATAAGGATACACCTCTCTCTGCATTCCACCATTTTGGATTTTGTTTTCATCAATTCCTATATATTTGTTATATTAACTTACTAATTAGCCGATGTTTGTACTTCTATCGATTTTATCCGAACGTATTTTGAGCATGTGAAGATGATTCTGGGATTGGAAAGAGCAGAATGAAGACAAATGGTTTCTCAGAGTGCCAACTTCCAAAAGCTAATGGATTCTGTTATCCAATATATACTGTTGAAGGTAGCAGCAAAACCATTGTAAACTAGTAAACAAAGTTTATCACAAGCTGTAATAGTATTAGACTATTTATAATCTGGTTCGAATGTTTTT 2 0 5' arm Mimulus_lewisii mirnest mir-156 0.0003 far-MIR156b 0.000001 -46.7 .......((((((((((((((..((((((((((.((((....((((((.....))))))....))))..))))))))))..))))))))))))))...... (-46.7)