mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAAGCTGGTCCAGACACCA GTGCGGGCAAGCTGGTATG GAATTAGTCGAGGTGCGGGCAAGCTGGTATGTAGGGGTAAAGTCTGCGTATACACTATCCTTCCTAGACCCCACTTGTGGGATTACATTGGGTTTGTTGTTGTTGCTGATGTTGTTGCGTGCAAGCTGGTCCAGACACCACCATTATCC AAAATAGACGAGGTGCGTTCAAGATGGCCATGACACCATTTTTATTAAAGAAGAATGATGAAAAGAAATAAAGAACTCGCCAACAGCAATATATTTGAGAGCTGAGACACTGTCATAAAGGTATCCATGTGGGATTCGCTACAAGAATGTGTGCAAAATCTTGAATGGTGGAGGTTGATAAGTTCATTCTTCTACTCAAAACTGCATCACCATTTGATCTGCTATTCACTTAAAGCTTTGGCAATTTGGTTCGGGAAAGTCTGCAAGTGTTCCAATGAGAAAGGATGCACGTTTTTGAAGTTCTTCAAAGTAGAACTTTCTTATACCCCATGGAATTAGTCGAGGTGCGGGCAAGCTGGTATGTAGGGGTAAAGTCTGCGTATACACTATCCTTCCTAGACCCCACTTGTGGGATTACATTGGGTTTGTTGTTGTTGCTGATGTTGTTGCGTGCAAGCTGGTCCAGACACCACCATTATCCACAAAAAAAAGTAGAATTTTCTTGTATGTGTTAACTTCTTGTAATTGCATTTGTTTGTACAGTATTACTTGCTCAAAAGAGCTGAAGCTGATTTTCAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGC 4 2 3' arm Nicotiana_benthamiana mirnest 100 100 -41.1 ((.....))..((((.((((.((((.((((((((...(((.(((.(((...(((.((.(((.....((.((((....)))).)).....)))..)).)))...))).))).))))))))))).)))).))))...)))).......... (-41.1)