mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCACAACAAAGCTAAGAGA TCTCGGCTTTATGCAGCACT GTCACATACATTTTCTACACTCTCTCGGCTTTATGCAGCACTGCATAAGCAGAAAGCTAATTCGTCAATGTTTACGAGCAAAAAATTGTTGGATTAGTTTCTTCCTCGAGAAAAAGAAAAACCAATTCCTGCAGGAAGTAATACGTATAGCCAATTAAATGTGCTTATGATGTATTATGCTTCTCCTTCATAGCTAAAGCAGCAGCTCTGTACCACGCAGCTGCAGCCATGGCACCAGGGTCAGGAATTGAAGCAAGAACATCTCCAGGTATGCAGGTTGAACGGCCAGCCTGCGCTTGCATGTGCTTGGTTGGCTCGGCTCCAGCGACTGCTGCCTCAGCAGAAATAACGAAAGCATCCACAGGGTTGTCCCCAGCACTCAACCTCTGTTCCCAATGCATAAAAATCGGATAACTCCCTAGCTATCTTCCGTGCGGCCTTAGTCACAATCCGCCCCTGCGATGTGCTAAGTCAGCCTTTCCCCGAAATATTGCCACAACAAAGCTAAGAGAAGTAAAGAGAAGCTAAGAA AAAATGAAAAGTCACGGTGCTGAATTGAAAAATTGTTAAAATGAAGATTACAACCACGTGCACCGATTTGAGTATGGCATTCTACATGGCATTGTATTTTCCTCACTGAGAACACTGTATACAAAGGACTGTCACATACATTTTCTACACTCTCTCGGCTTTATGCAGCACTGCATAAGCAGAAAGCTAATTCGTCAATGTTTACGAGCAAAAAATTGTTGGATTAGTTTCTTCCTCGAGAAAAAGAAAAACCAATTCCTGCAGGAAGTAATACGTATAGCCAATTAAATGTGCTTATGATGTATTATGCTTCTCCTTCATAGCTAAAGCAGCAGCTCTGTACCACGCAGCTGCAGCCATGGCACCAGGGTCAGGAATTGAAGCAAGAACATCTCCAGGTATGCAGGTTGAACGGCCAGCCTGCGCTTGCATGTGCTTGGTTGGCTCGGCTCCAGCGACTGCTGCCTCAGCAGAAATAACGAAAGCATCCACAGGGTTGTCCCCAGCACTCAACCTCTGTTCCCAATGCATAAAAATCGGATAACTCCCTAGCTATCTTCCGTGCGGCCTTAGTCACAATCCGCCCCTGCGATGTGCTAAGTCAGCCTTTCCCCGAAATATTGCCACAACAAAGCTAAGAGAAGTAAAGAGAAGCTAAGAAGAGAAGCTTGCAAGAATGCTTTGTATTAAACAAGAGGATGCTTTATACAAGTGTTGGATTGCTTGAATGTTTCTTGGATACAAATGCCAAATGCCTCTAGCCTATTTATAGTTGTTAGAGTCCCAAACCAACGGCTAAGATCTATTCTAATCAATGGCTAAGATCAAAGCTCTAGAGAGTTCTA 5 1 3' arm Nicotiana_benthamiana mirnest 100 100 -129.9 ..........((((((..(((((((.((((((.((..(((.((((((...(((((.((((((((.((((.(((.......))).)))).))))))))))))).(((.((((...........(((((((((..(((((((((((((..(((((......)).)))....)))))))..))))))((((....((((..((.((((((.(((...))).)))))).))..))))...)))).)))))))))...........)))).)))))))))((((((..((((((((.((((......))))..)))))))).((((...(((.((((((...)))))).......((.(((.......(((((((((...(((..................))).........)))))))))....))).))...)))..))))((((.((((...(((....))).)))))))).))))))((((...))))...)))..))..)))))).)))).)))..))))))........ (-129.9)