mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTTATTTTATTTTTT AAAGTAACCGGAAACGAATT ACAGTTAGCGAAAAAGTAACCGGAAACGAATTTGAGTGAAAAACCTTCTATTTGGAGCAAAACAATGATCCAAATAAATGGGATGTTCATCATTTAGAGCTCTTAAGGGTTGGGCATGCTGACCTATGTGATTATTTGCGACGAAAGGGCTTGTAGATGTTTTGTACTCTTGTCAGAAATGTTAATTTTTGTTTTTATTTTATTTTTTCCAGTATAA AATGTATGATACTATCCGCGAATGGCCTCGTTATGTAAAGATTCCTTTCCCCATTGCCAAGGCATTGGCTTTTTCCCGAGATTTCTTATTAAATAAAGTTCCAGTTCCTCTTCCCACACCTCAGATATTCAATTTGGATGAGATCAATGCTCTGACTGTAGATACATTGGTGTCTCCAACCGCTCTAACATTTGATGACCTTGGGCTAGTGCCTCATCAGCTGAAGGGTTATCCAATTGAGTTCCTCATGTCTTACCGGAAGGGTGGACCAGGATTTGGCACTACAGTTAGCGAAAAAGTAACCGGAAACGAATTTGAGTGAAAAACCTTCTATTTGGAGCAAAACAATGATCCAAATAAATGGGATGTTCATCATTTAGAGCTCTTAAGGGTTGGGCATGCTGACCTATGTGATTATTTGCGACGAAAGGGCTTGTAGATGTTTTGTACTCTTGTCAGAAATGTTAATTTTTGTTTTTATTTTATTTTTTCCAGTATAATGAGAAGATGGTAATCATGTTTTGGTACGAGAATAAGAATTTGGTTGGGACGCTTCCATGAGCAATGAAAGAAAAC 2 1 3' arm Aristolochia_fimbriata mirnest 100 100 -45.7 .........((((((((((..(((((((((...(((((.(((((..((((((((((.((......)).))))))(((((((........)))))))((((((((..(((((((.....))))))).(((((....)))))....)))))))).)))).))))).)))))(((.((....)).)))..)))))))))...))))))))))........ (-45.7)