mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATTTGGTACCATGAGGTTC ACCCATCAAGGTACCAGTTGGCT GTATGCTCCAAAACTGGAGGTCCATTTGGTACCATGAGGTTCAAGGCTGAGCTAAGCCATGGCGCCAATGACGGCGCTGACATTGCCATCAGGCTATTGGAACCCATCAAGGTACCAGTTGGCTGGAGTGGTTGCTGTTGAA GGGATCATTCTCGTGCCATAGGGTTTATCGCTTTGTCTCTTTGCTCCTCGATATCCTCTACAGAACTATTACCATGACGAAGTGCTATCCCACAGTGAGTGAGGACTACGTTAAGGCTGTTGATAAAGCCAAAAGGAAGCTCAGAGGACTCATGCTCCGTTTAGCATGGCACTCTGCTGGTACCTATGATGTATGCTCCAAAACTGGAGGTCCATTTGGTACCATGAGGTTCAAGGCTGAGCTAAGCCATGGCGCCAATGACGGCGCTGACATTGCCATCAGGCTATTGGAACCCATCAAGGTACCAGTTGGCTGGAGTGGTTGCTGTTGAAGTTACTGGAGGGCCTGATGTGCCCTTCCACCCTGGTAGAGAGGACAAGACAGAGCCACCTCTTGAAGGTCGCCTGCCTGATGCCACCAAGGGTTCTGACCATCTGAGGGGATGTGTTTGTTAAGCAAATGGGTCTTTCTGACAAGGACACAAGGAACGTTCAGGTTTTGAGGGACCATGGACTGCTAATCCACTTATCTTCGACAACTCCTACTTCAAGGAACTTTTGAGCGGGGNAAANGAGGGGCTTTTTACAGTTGCCATCAGACAAGGCTCTCCTCAGTGNATCCTGNTTTCCCCCCCNTNGGTNGAAAAANATGCANCG 2 2 5' arm Nicotiana_langsdorffii_x_Nicotiana_sanderae mirnest 100 100 -51.5 .....(((((....)))))..(((.((((((((.((((((((..((((......))))..((((((......))))))..((..(((....)))...)))))))..))).)))))))).)))....(((....)))...... (-51.5)