mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCGCTACTCCTCCCATAC GCGGGTGGGGTGGAAAGATT ATTGGAATAAGGATGAGGTAGAAAGGGATGAGGATATTGGGAAGTTATTGGTGCGGGTGGGGTGGAAAGATTATGATTATTTAATTTTTTACAACCAAAATTGGAAAAAATGAAAAATAAAAAATATCTTCGCTACTCCTCCCATACCATGACTTCCACTAACTTCTCCCTCTCTTGATTTTGTCATCCGTTTGTG GCGCAGTGATGAGATATAGAGAGTCATGCACCACTCTGACAGAAGCGATGTTAAATTCTCATACCCACATACTTTTTTGAGTTGATTAGCAAAATTTTCATTTGTCTTTTGGAAATTTCACCCATTTTGAGAAAGATGGGTTGAGAAATTGTCAGTTAAACAACCATTGGAATAAGGATGAGGTAGAAAGGGATGAGGATATTGGGAAGTTATTGGTGCGGGTGGGGTGGAAAGATTATGATTATTTAATTTTTTACAACCAAAATTGGAAAAAATGAAAAATAAAAAATATCTTCGCTACTCCTCCCATACCATGACTTCCACTAACTTCTCCCTCTCTTGATTTTGTCATCCGTTTGTGAAATTAAGCAGTTGCTTCTCTCTTTGCTCTGAAGATTATAGTTGTGAT 3 1 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest 100 sly-MIR5301 0.0000000007 -59.7 ..........((((((((.(((.(((((.((((.((...(((((((((.((((.(((.(((((((.(((((.....((((((.(((((((.(((......))).)))))))...)))))).....)))))..))))))).))).)))))))))))))..)).))))))))).)))....))..))))))....... (-59.7)